علم تركستان الشرقية (بالأويغورية: شەرقىي تۈركىستان بايرىقى)، كان العلم الوطني لجمهورية تركستان الشرقية الأولى هلالًا ونجمة زرقاوتين على خلفية بيضاء مكتوب عليها الشهاداتان حتى 12 نوفمبر 1933، وبعد سقوط الجمهورية الأولى، جاء خوجا نياز إلى كاشغر، وأسس جمهورية تركستان الشرقية الثانية في 12 يناير 1934. وهي تستخدم العلم الجديد وهو نفس علم حركة الاستقلال في تركستان الشرقية حاليًا.
يُشبه العلم الجديد العلم التركي، حيث يحتوي على هلال ونجمة بيضاويتين على خلفية زرقاء.