علم جمهورية ترانسنيستريا هو مبني على أساس علم جمهورية مولدوفا السوفيتية الاشتراكية السابقة (صاحبة السيادة التاريخية على الإقليم الانفصالي) واستعمل منذ عام 2000.
استعمل بعد تفكك الاتحاد السوفيتي عام 1991 عندما استقلت جمهورية مولدوفا، حينها رفضت المنطقة الانفصالية رفع علم مولدوفا واستمرت برفع علم الاتحاد السوفيتي حتى استعمل العلم الحالي.