يشمل علم الآثار في مليلية دراسة وحفظ البقايا المادية التي تشهد على استيطان بشري لهذه المدينة الإسبانية المستقلة الواقعة في شمال أفريقيا. وبفضل موقعها الاستراتيجي على بحر البوران، كانت مليلية ، منذ عصور ما قبل التاريخ ، نقطة اتصال بين أوروبا وأفريقيا ، وبين غرب البحر الأبيض المتوسط والمغرب العربي ، مما ساهم في تداخل ثقافي غني.
تغطي البقايا الأثرية الموجودة في أراضيها طيفًا زمنيًا واسعًا، من العصر الحجري القديم الأوسط إلى العصر الحديث ، مرورًا بالعصور الفينيقية والبونيقية والرومانية والبيزنطية والإسلامية. وقد ساهمت هذه الاكتشافات بشكل كبير في إعادة بناء المدينة ومحيطها تاريخيًا، وخاصة مدينة روسادير القديمة، المذكورة في المصادر اليونانية الرومانية.
تم إجراء الحفريات الرئيسية في مناطق مثل مليلية القديمة ، وبيت الحاكم ، وكنيسة الحبل بلا دنس ، وحصن فيكتوريا الكبرى ، وساحة فيدور ، وسيرو دي سان لورينزو ، وهويرتا دي رييس وموقع زافرين في جزر شافاريناس .
عززت المؤسسات المحلية والوطنية، بمشاركة الباحثين والجامعات، النشاط الأثري في المدينة. ويُعنى مركز ما قبل التاريخ والآثار والتراث (CPAP) ، الذي افتُتح عام ٢٠١٠، بدراسة التراث الأثري لمليلية وحفظه ونشره.
على الرغم من التقدم العلمي، تواجه بعض المواقع تحديات في الحفاظ عليها، ونقصًا في التمويل، وغياب استراتيجية شاملة لتطوير المتاحف. ومع ذلك، تسعى العديد من المشاريع الجارية إلى حماية هذا التراث وتعزيزه، ودمجه في المعالم الثقافية والسياحية للمدينة.