علاقات إسرائيل وجنوب السودان هي العلاقات بين إسرائيل وجمهورية جنوب السودان.
إعترفت إسرائيل بدولة جنوب السودان في 10 يوليو 2011، بعد يوم من إعلان استقلال الدولة. في 15 يوليو، أعلنت جنوب السودان عن نيتها إقامة العلاقات الدبلوماسية الكاملة مع إسرائيل. في 28 يوليو أعلنت إسرائيل عن ترحيبها بإقامة العلاقات الدبلوماسية مع جنوب السودان.