يعتبرعلاج تغيير نوع الجنس هو الجانب الطبي للتحول الجنسي، والذي يعرف بتغيير معالم الفرد لكي يتوافق بشكل أفضل مع هويته الجنسية. وقد يشمل العلاج الهرموني لتغيير الخصائص الجنسية الثانوية، وجراحة تغيير نوع الجنس لتحويل معالم الجنس الأساسية، وغيرها من الإجراءات التي تغير من المظهر، بما في ذلك إزالة الشعر الدائم للنساء المتحولات.
بالنسبة للحالات التي قُيّمت بشكل سليم بالانزعاج الشديد من نوع الجنس، فغالبا ما يكون علاج تغيير نوع الجنس هو الأفضل عند اتباع معايير الرعاية. وثمة قلق أكاديمي إزاء تَرَدّي نوعية الأدلة الداعمة لنجاعة تغيير نوع الجنس علاجًا لاضطراب الهوية الجنسية، ولكن الدراسات الأكثر قوة غير قابلة للتطبيق؛ كما أن هناك إجماعا سريريا (كلينيكيا) كبير مكمِّل للبحث الأكاديمي، يدعم تأثيره من حيث التحسن الشخصي لمرضى اختيروا بشكل مناسب لتلقي علاج تغيير نوع الجنس. بالإضافة إلى ذلك، يوجد إجماع سريري واسع، مكمل للبحث الأكاديمي، يدعم الفعالية من حيث التحسين الذاتي لعلاج تغيير الجنس في مرضى اختيروا بشكل مناسب. لا يتضمن علاج اضطراب الهوية الجنسية محاولة تعديل الهوية الجنسية للمريض، وإنما لمساعدة المريض على التكيف.
أصدرت منظمات الصحة الكبرى في الولايات المتحدة والمملكة المتحدة بيانات مؤيدة تدعم علاج تغيير نوع الجنس شاملة العلاجات الطبية اللازمة في بعض الحالات التي قُيمت بشكل سليم.