يُعتبر العدد النهائي لقتلى مذبحة نانجنغ موضوعًا مثيرًا للجدل في التأريخ الصيني والياباني. بعد اندلاع الحرب الصينية اليابانية الثانية، زحف الجيش الإمبراطوري الياباني من شنغهاي على العاصمة الصينية نانجنغ، ورغم ذبح اليابانيين عددًا كبيرًا من أسرى الحرب الصينيين والمدنيين، بعد دخولهم إلى نانكينغ في 13 ديسمبر 1937، ما يزال الرقم الدقيق غير معروفًا. منذ أواخر الستينيات، وبعد صدور أولى الأبحاث الأكاديمية التي تناولت مذبحة نانكينغ، أصبح تقدير عدد قتلى المذبحة موضوعًا رئيسيًا على طاولة النقاش العلمي.
في الوقت الحاضر، تُشير الأرقام الأكثر مصداقية والمتفق عليها على نطاق واسع إلى أن عدد ضحايا المذبحة داخل مدينة نانجنغ بلغ 40,000 شخصًا تقريبًا، ذُبح غالبهم في الأيام الخمسة الأولى من 13 ديسمبر 1937؛ في حين أن إجمالي الضحايا الذين ذُبحوا في نهاية مارس 1938 في كل من نانجنغ والمقاطعات الريفية الست المجاورة لها يتجاوز 100,000 بكثير، ولكن أقل من 200,000. وبالنتيجة، واعتمادًا على الإطار الزمني والجغرافي، فإن عدد الضحايا الذي يمكن التحقق منه تجريبيًا والممكن إثباته علميًا يتراوح بين 40,000 وأقل من 200,000.
ينصبّ صُلب النقاش على صحة سجلات الدفن والتاريخ الشفوي. ثمة جدلٌ أقلّ بشأن مَن مِن القتلى يمكن تصنيفهم على أنهم «ضحايا المجزرة». طُرحت أرقام أقلّ أو أكثر من عدد الضحايا الذين يمكن التحقق منه تجريبيًا وإثباته العلمي مِن قبل المؤرخين التعديليين اليابانيين والحزب الشيوعي الصيني. أحصت بعض أقل التقديرات 10,000 حالة وفاة فقط، بينما لقنت حملة التعليم الوطني التابعة للحكومة الصينية الطلابَ أن 300,000 مدني قُتلوا في نانجنغ.