عائلة بلخوجة هي إحدى العائلات المنتمية إلى كبار أعيان تونس، وقد برز عدد من أفرادها خلال القرنين التاسع عشر والعشرين في العلوم الدينية.
تعود أصولها إلى الجدّ الأعلى، العسكري العثماني علي خوجة الحنفي، الذي قدم إلى تونس بمناسبة المعركة التي دارت في حلق الوادي ضد جيش شارل الخامس. وكان ضابطًا في جيش سنان باشا، ثم عاد إلى المشرق بعد انتهاء الفتح. أما حفيده محمد، فقد رجع ليستقر في تونس خلال القرن السابع عشر.
وفي أواخر القرن التاسع عشر، تولى بعض أفراد العائلة مناصب مهمة في الإدارة الحسينية. .