الطفرة الجسدية هي تغيير في تسلسل الحمض النووي لخلية جسدية في كائن متعدد الخلايا مع خلايا تكاثر مخصصة؛ أي طفرة تحدث في خلية غير الأمشاج أو الخلية الجرثومية أو الخلية المشيمية. على عكس طفرات السلالة الجرثومية، التي يمكن أن تنتقل إلى أحفاد الكائن الحي، لا تنتقل الطفرات الجسدية عادةً إلى الأحفاد. هذا التمييز غير واضح في النباتات، التي تفتقر إلى السلالة الجرثومية المخصصة، وفي تلك الحيوانات التي يمكنها التكاثر اللاجنسي من خلال آليات مثل التبرعم، مثلما هو الحال في أعضاء من جنس الهيدرا المتعلق بالقراصات.
في حين أن الطفرات الجسدية لا تنتقل إلى نسل الكائن الحي، فإن الطفرات الجسدية ستكون موجودة في جميع أحفاد خلية داخل نفس الكائن الحي. تنجم العديد من السرطانات عن الطفرات الجسدية المتراكمة.