الضبط الفيثاغوري هو نظام من أنظمة الضبط الموسيقي تُبنى فيه النغمات والعلاقات بينها اعتمادًا على تسلسل من الخامسات النقية، أي المسافات الموسيقية التي تقوم على نسبة التردد 3:2. ويقوم هذا الضبط على فكرة رياضية بسيطة ذات أثر واسع: إذا كان الأوكتاف يمثل تضاعف التردد بنسبة 2:1، فإن الخامسة التامة تمثل أبسط علاقة تالية في السلسلة التوافقية، ولذلك عُدت من أكثر المسافات صفاءً وسهولة في الضبط بالأذن. اكتسب الضبط الفيثاغوري أهميته بأنه نقطة التقاء بين نظرية الموسيقى والموسيقى والرياضيات.
يرتبط اسم النظام بـفيثاغورس وبالمدرسة الفيثاغورية، غير أن الدراسات التاريخية الحديثة تشير إلى أن جذوره أقدم من اليونان، وأن أنماطًا قريبة منه كانت معروفة في ممالك بلاد الرافدين القديمة.