يُمارس صيد الأسماك في السودان بشكل رئيسي من قبل القطاع التقليدي لتأمين المعيشة، على الرغم من أن عدداً من الصيادين الصغار يستخدمون أيضاً الخزانات الرئيسية والأنهار في البلاد لصيد الأسماك وبيعها محلياً وفي المراكز الحضرية القريبة. كما توجد بعض مشاريع الصيد الحديثة، لا سيما في بحيرة النوبة والبحر الأحمر.
شهد إنتاج السودان الإجمالي من الأسماك والمحار وغيرها من منتجات الصيد نموًا ملحوظًا في السنوات الأخيرة. بلغ متوسط الإنتاج 58,000 طن بحلول عام 2001، مع تقديرات وزارة الثروة الحيوانية آنذاك لإمكانية صيد 150,000 طن سنويًا من مصادر المياه العذبة و10,000 طن من البحر الأحمر. يُعد نظام نهر النيل المصدر الرئيسي للأسماك. علاوة على ذلك، تشكلت العديد من البحيرات والخزانات نتيجة بناء السدود على النهر وفروعه: منها جزء من بحيرة النوبة بطول 180 كيلومترًا في السودان، والخزانات خلف سدي الروصيرص وسنار على النيل الأزرق، وسد جبل الأولياء على النيل الأبيض، وسد خشم القربة على نهر عطبرة.
كان إنتاج بحيرة النوبة في البداية أقل بكثير من إمكاناتها. لم يكن لدى سكان المناطق المحيطة بالبحيرة، التي تشكلت تدريجيًا في ستينيات القرن الماضي، أي خبرة سابقة في صيد الأسماك، وقد تولت إدارة مصايد الأسماك الحكومية أول استغلال تجاري كبير لموارد البحيرة. وفي عام 1973، بدأت شركة خاصة عملياتها أيضًا. وبعد ذلك بقليل، تم بناء مصنع للثلج ومرفق للتبريد في وادي حلفا بمساعدة من الصين. كما زودت الصين البحيرة بسفن صيد ومعدات صيد أخرى. وخزنت محطات تبريد جديدة في الخرطوم وعطبرة الأسماك المنقولة من وادي حلفا بالسكك الحديدية. وبلغ إنتاج الأسماك من البحيرة 2000 طن بحلول عامي 1997-1999، لكنه انخفض إلى 1000 طن بحلول عامي 2000-2001.
ظلت المنطقة الساحلية للبحر الأحمر غير مستغلة نسبيًا حتى أواخر سبعينيات القرن العشرين. في عام 1978، بدأت وزارة التنمية الخارجية البريطانية مشروعًا مشتركًا مع إدارة مصايد الأسماك السودانية لزيادة الإنتاج من خلال توفير القوارب والمحركات والمعدات للصيادين. ووفر مصنع جديد للثلج في سواكن الثلج للصيادين المحليين لتخزين صيدهم. وبحلول عامي 2000-2001، بلغ حجم الصيد السنوي حوالي 5000 طن من الأسماك والمحار (بما في ذلك محار اللؤلؤ ) وغيرها من الكائنات البحرية.
بلغت كمية الأسماك والقشريات والرخويات التي تم صيدها في السودان في السنوات الأخيرة ما بين 57000 طن في الفترة من 2002 إلى 2006 و72000 طن في عام 2010. وبلغ إنتاج الاستزراع المائي ذروته عند 1950 طنًا في عام 2007.