شيخوخة البكتيريا أو الشيخوخة البكتيرية، هو الانخفاض التدريجي في النشاط الخلوي للبكتيريا مع تقدمها في العمر، ويظهر هذا التراجع في النشاط الخلوي للبكتيريا من خلال البطئ في معدل الانقسام على غير المعتاد وزيادة احتمالية موت الخلية البكتيرية.
يعتقد أن السبب الأساسي في هذه الشيخوخة يكمن وراء تراكم المواد الضارة الناتجة من مخلفات الخلايا البكتيرية ذاتها، وهي ما يتم اعتبارها انها مواد مساعدة لتقدم البكتيريا في العمر وظهور أعراض الشيخوخة عليها كالانقسام الغير متماثل الذي يحدث في شيخوخة العنيقاء (أحد أنواع البكتيريا) وهو ما يدل على ان الشيخوخة قد وصلت إلى مرحلة الانقسام وأن البكتيريا لم تعد قادرة على ان تقوم بعملية التكاثر المثلى التي تضمن بقائها. تظهر هذه العلامة بشكل واضح جدا في البكتيريا المعروفة بأن انقسامها دائما ما يكون متماثل كما هو الحال في الإشريكية القولونية (أحد أكثر الأنواع البكتيرية انتشارا), فعد انقسام مثل هذه البكتيريا بشكل غير متماثل فهنا تشير هذه الانقسامات على أن البكتيريا قد دخلت طور الشيخوخة.