سلالة بندهارا هي سلالة حاكمة ملايوية، من نسل بندهارا جوهر أو الوزراء العظام لسلطنة ملقا ثم سلطنة جوهر. أسسها تون حبيب عبد المجيد، والذي سيطر أحفاده جميع أنحاء سلطنة جوهر وأنشأوا بيوت حكم في رياو لينقا وجوهر وفهغ وترغكانو.، بدايةً من ابنه عبد الجليل شاه الرابع.
كانت العائلة في الأصل أعضاء في الطبقة الأرستقراطية، حيث أقامت علاقات زواج قوية مع السلاطين الحاكمين منذ زمن سلطنة ملقا. وبدأ صعود الأسرة كبيت ملكي في أواخر القرن السابع عشر، عندما توفي آخر حاكم لجوهر من سلالة ملقا محمود شاه الثاني دون وريث ذكر.
وكان آخر سلاطين جوهر من سلالة بندهارا السلطان علي إسكندر شاه، ثم خلفهم سلالة تمنغكونغ أو سلاطين جوهر الحديثة، وهم من أحفاد تمنغكونغ عبد الجمال.