سفارة اليابان في كوريا الجنوبية هي أرفع تمثيل دبلوماسي لدولة اليابان لدى كوريا الجنوبية. تقع السفارة في حي جونغنو وهي تهدف لتعزيز المصالح اليابانية في كوريا الجنوبية.