رحلة مصر للطيران 990 (MSR990)، كانت رحلة مجدولة من مطار لوس أنجلوس الدولي إلى مطار القاهرة الدولي، مع توقف في مطار جون إف. كينيدي بمدينة نيويورك. في 31 أكتوبر 1999، تحطمت طائرة بوينج 767-300ER التي كانت تقوم بتشغيل الرحلة فوق المحيط الأطلسي على بُعد حوالي 100 كم (60 ميلاً) جنوب جزيرة نانتوكيت بولاية ماساتشوستس الامريكية، مما أدى إلى مقتل جميع الركاب وأفراد الطاقم البالغ عددهم 217 شخصًا. يُعد هذا الحادث الأكبر في تاريخ حوادث الطيران التابعة لمصر للطيران، وثاني أضخم حادث لطائرة بوينج 767 بعد حادث رحلة لاودا للطيران رقم ٤.
نظرًا لوقوع الحادث في المياه الدولية، تم فتح تحقيق مشترك بين وزارة الطيران المدني المصرية (الهيئة المصرية للطيران المدني) والمجلس الوطني الامريكي لسلامة النقل بموجب قواعد منظمة الطيران المدني الدولي. وبسبب ضعف إمكانيات الهيئة المصرية، طلبت مصر من السلطات الأمريكية تولي المجلس الوطني لسلامة النقل مسؤولية التحقيق.
بعد أسبوعين من الحادث، اقترح المجلس الوطني الأمريكي تحويل التحقيق إلى مكتب التحقيقات الفيدرالي لأن جميع الأدلة التي تم جمعها حتى ذلك الوقت أشارت إلى احتمال وقوع عمل جنائي وأن الحادث كان نتيجة فعل متعمَد. لكن السلطات المصرية رفضت هذا الاقتراح، وامتنعت مرارًا عن نقل التحقيق إلى مكتب التحقيقات الفيدرالي، فاضطر المجلس الوطني لسلامة النقل إلى مواصلة التحقيق.
خلص التقرير النهائي لـمجلس سلامة النقل الوطني الأمريكي في مارس 2002 بعد عامين من بدء التحقيقات إلى أن سبب الحادث كان خروج الطائرة عن الطيران المستوي واصطدامها بالمحيط كان بسبب "إدخالات تحكم من مساعد الطيار البديل في نظام توجيه الطائرة" أي "فعل متعمَد".، لكنه لم يتمكن في النهاية من تحديد سبب دوافع هذا التصرف. أما التحقيق المصري فأستنتج بشكل مستقل أن الحادث ناتج عن عطل ميكانيكي في نظام تحكم المصعَد بالطائرة، واقترح العديد من الاحتمالات التقنية، مع التركيز على احتمال عطل في أحد وحدات الطاقة الخاصة بالمصعد الأيمن. بينما ظل المجلس الوطني لسلامة النقل يعارض تقرير الجانب المصري ويعتبر أنه لا يوجد تفسير للحركات الأخيرة للطائرة سوى تصرف بشري متعمد.