رئيس زنجبار (السواحيلية: Rais wa Zanzibar) هو رئيس الحكومة الثورية في زنجبار، وهي حكومة شبه مستقلة داخل تنزانيا. الرئيس الحالي هو حسين مويني. الرئيس هو أيضا رئيس المجلس الثوري، الذي يتم تعيين أعضائه من قبل الرئيس، ويجب اختيار بعضهم من مجلس النواب.
يتم انتخاب الرئيس بالأغلبية. مدة الرئاسة خمس سنوات، ولا يجوز إعادة انتخاب المرشح إلا مرة واحدة.
بعد ثورة زنجبار في عام 1964، أصبح عبيد كرومي أول رئيس لزنجبار، كزعيم للحزب الأفرو شيرازي.