رئيس المفوضية الأوروبية (بالإنجليزية: President of the European Commission)هو رأس المفوضية الأوروبية (الفرع التنفيذي للاتحاد الاوروبي) وبالتالي فهو صاحب أعلى سلطة في الاتحاد الأوروبي، (بشكل فضفاض) مماثل لدور رئيس الوزراء / رئيس الحكومة (في المقابل يوجد دور مستقل لرئيس المجلس الأوروبي، الذي ينظر إليه باعتباره رأس الدولة للاتحاد الأوروبي). خلافا لرئيس الحكومة، رئيس المفوضية لا يقوم بأي من تحديد السياسة الخارجية، قيادة القوات، ورفع الضرائب. رئيس المفوضية مسؤول عن توزيع الحقائب على أعضاء المفوضية وإعادة توزيعها وإعفاء الأعضاء في حال الضرورة. تقوم المفوضية بوضع أجنة لسياساتها وجميع مشاريع القوانين التي تقترحها (وهي الجهة الوحيدة القادرة على اقتراح قوانين الاتحاد الاوروبي).
رئيس المفوضية أيضاً يمثل الاتحاد الأوروبي في الخارج مع رئيس المجلس الأوروبي والممثل السامي للاتحاد للشؤون الخارجية والسياسة الأمنية.
تم تأسيس المنصب في العام 1958 ويتم انتخابه من قبل البرلمان الأوروبي، بناءً على اقتراح المجلس الأوروبي لولاية من خمس سنوات. بمجرد التعيين يصبح رئيس المفوضية وأعضائها مسؤولين أمام البرلمان القادر على انتقاد رئيس المفوضية. رئيس المفوضية الحالي والثالث عشر هو أورسولا فون دير لاين التي تولت المنصب من 1 ديسمبر 2019. وهي عضو في حزب الشعب الأوروبي ووزيرة دفاع ألمانيا سابقاً.