دير القديس نيقوديموس هو دير وكنيسة تابعة لبطريركية الروم الأرثوذكس في القدس، مخصصة لنيقوديموس. يقع في الحي الإسلامي بالقدس، جنوب باب هيرودس وعلى بعد 90 مترًا شمال طريق الآلام.
وبحسب المعتقد الأرثوذكسي، كان سجن القديس بطرس في قبوه، حيث سجنه هيرودس أغريباس ثم أطلقه ملاك.