دوري الاتحاد العراقي الممتاز 1968–69 هو الموسم الحادي والعشرين من دوري المؤسسات في بغداد. شارك في البطولة أحد عشر فريقًا. كان مقررا ان يكون الدوري بنظام الدوري وجرت منه ثلاثة ادوار ولكن تم الغاء البطولة بقرار من الاتحاد وتم تنظيم بطولة أخرى جرت بطريقة التسقيط الزوجي.
فاز آليات الشرطة على القوة الجوية بنتيجة 3–1 في النهائي ليفوز باللقب للمرة الثانية على التوالي. لاعب القوة الجوية هشام عطا عجاج كان هداف المنافسة برصيد 4 اهداف.