دوري السوبر الألباني 1999–2000 (بالألبانية: Kategoria Superiore 1999-00) هو الموسم 61 من دوري السوبر الألباني. أقيم خلال الفترة 18 سبتمبر 1999 وحتى 24 مايو 2000، والذي يشرف على تنظيمه اتحاد ألبانيا لكرة القدم، وكان عدد الأندية المشاركة فيه 14، وفاز فيه نادي تيرانا.