مرحلة خروج المغلوب في كأس الأمم الأفريقية 2004 انطلقت في 7 فبراير وانتهت في 14 فبراير 2004 مع المباراة النهائية في تونس.
خلال مرحلة خروج المغلوب، إذا انتهت مباراة بالتعادل في وقتها الأصلي، يتم الاحتكام للوقت الإضافي (شوطين من 15 دقيقة لكل شوط)، في حال استمرار التعادل، يتم اللجوء إلى ركلات الجزاء الترجيحية. باستثناء مباراة تحديد المركز الثالث التي يتم اللجوء فيها مباشرة إلى ركلات الجزاء الترجيحية.
جميع الأوقات حسب التوقيت المحلي: توقيت وسط أوروبا (ت ع م+1)