دور المجموعات في كأس الاتحاد الآسيوي 2012 تكون من 32 فريق (20 من منطقة غرب آسيا و 12 من شرق آسيا). ويحتوي على:
28 فريق تأهلوا مباشرة إلى دور المجموعات من كأس الاتحاد الآسيوي 2012 (17 من منطقة غرب آسيا و 11 من شرق آسيا)
3 خاسرين من الدور النهائي لالملحق التأهيلي في دوري أبطال آسيا 2012 (2 من منطقة غرب آسيا و 1 من شرق آسيا)
فائز واحد من الملحق التأهيلي في كأس الاتحاد الآسيوي 2012 وهو من منطقة غرب آسيا
أقيمت قرعة الملحق التأهيلي في كوالا لمبور، ماليزيا يوم 6 ديسمبر 2011، 16:00 ت ع م+08:00. تم توزيع الفرق الإثنين والثلاثون على ثمان مجموعات من أربعة فرق. أندية من نفس البلد لم يتم وضعهم في نفس المجموعة.
لعبت الفرق كلها في كل مجموعة ضد بعضها البعض ذهاباً وإياباً بنظام الدوري. مواعيد جولات المباريات هي 6–7 مارس، 20–21 مارس، 3–4 أبريل، 10–11 أبريل، 24–25 أبريل، 8–9 مايو. سوف يتأهل أول وثاني كل مجموعة إلى مرحلة خروج المغلوب.