مباريات دور المجموعات في دوري أبطال أفريقيا 2012 أقيمت ما بين يوليو وسبتمبر 2012.
مواعيد مراحل المباريات كانت 6–8 يوليو، 20–22 يوليو، 3–5 أغسطس، 17–19 أغسطس، 31 أغسطس–2 سبتمبر و 14–16 سبتمبر.
شهد دور المجموعات مشاركة الفائزون الثمانية من الدور الثاني. تم تقسيمهم إلى مجموعتين من أربعة فرق، حيث سيلعبون ضد بعضهم البعض ذهاب-و-إياب بنظام الدوري المجزأ. الفريقين الأفضل في كل مجموعة تأهلوا إلى نصف النهائي.