داء المثقبيات هو اسم لعدة أمراض تسببها أوالي طفيلية مثقبية من جنس المثقبيات. يشمل ذلك عند البشر داء المثقبيات الأفريقي، وداء شاغاس، وهناك العديد من الأمراض الأخرى تصيب الحيوانات.
يعاني نحو 30 ألف شخص في 36 دولة من جنوب الصحراء الكبرى الأفريقية داءَ المثقبيات الأفريقي، الذي تسببه إما المثقبية البروسية الغامبية، أو المثقبية البروسية الروديسية. يسبب داء شاغاس 21 ألف حالة وفاة سنويًا، وتكون بشكل رئيسي في أمريكا اللاتينية.