خوجة أو خواجة (القازاقية: қожа; القرغيزية: кожо; الأويغورية: خوجا; الفارسية: خواجه; الطاجيكية: хӯҷа; الأوزبكية: xo'ja; (بالصينية: 和卓؛ البينيين: hézhuó))، وهي كلمة فارسية تعني حرفيًا "سيد" أو "رب" (مثل رب البيت)، كانت تُستخدم في آسيا الوسطى كلقب لأحفاد معلم الصوفية النقشبندية الشهير في آسيا الوسطى، أحمد الكاساني (1461-1542 م) مع آخرين في السلالة الفكرية النقشبندية قبل بهاء الدين نقشبند. كانت الشخصية الدينية الأقوى في أواخر العصر التيموري هو النقشبندي الشيخ خواجة أحرار. غالبًا ما كان الحكام المغول يعينون الخواجة في منطقة ألتيشهر أو منطقة حوض تاريم الحالية في سنجان (بلد الإيغور) الذي يقع اليوم في الصين.
كان خواجة ألتيشهر يزعمون أنهم سادة (من نسل النبي محمد) وما زالوا يعتبرون كذلك من إخوان ألتيشهر. على الرغم من أن أحمد الكاساني نفسه، المعروف باسم مخدوم أعظم أو "المعلم الأعظم" بين أتباعه، لم يزر ألتيشهر (حوض تاريم اليوم)، فإن العديد من أحفاده، المعروفين باسم مخدوم زاده ويحملون لقب خواجة لعبوا أدوارًا مهمة في سياسة المنطقة من القرن السابع عشر إلى القرن التاسع عشر.
عند وفاة أحمد الكاساني، حدث انقسام بين الخواجة مما أدى إلى أن يصبح أحد الطرفين تابعًا لابن المخدوم الأكبر خوجا محمد أمين المعروف باسم إيشان كالان بينما يتبع الطرف الآخر ابنه الأصغر خوجا محمد إسحاق والي. ويبدو أن أتباع إيشان كالان قد اكتسبوا اسم آق تغلب أو المتسلقين البيض واسم إسحاق قره تغلب أو المتسلقين السود، ولكن هذه الأسماء لم تكن تشير إلى المناطق التي يعيش فيها أتباعهم. وكان جميعهم من سكان الأراضي المنخفضة ومدن تركستان الشرقية، ولكن كل قسم منهم تحالف مع القرغيز في الجبال المجاورة، ودعمهم على ما يبدو في معاركهم الداخلية. كانت القبائل القيرغيزية في سلسلة جبال تيان شان الغربية الواقعة إلى الشمال من كاشغر تُعرف باسم المتسلقين البيض، وكانت القبائل القيرغيزية في بامير وكاراكورام وكونلون تُعرف باسم المتسلقين السود، وكانت ياركاند هي المدينة الرئيسة ذات النفوذ، لدرجة أن الخواجة تولوا تسميات حلفائهم القيرغيز.
وقد كتب السيد صادق كاشغري كتابًا بعنوان تذكرة الخواجة باللغة الجغتائية.