خلل تكوّن الغدة الدرقية (بالإنجليزية: Thyroid dysgenesis) هو أحد أسباب قصور الغدة الدرقية الخلقي. حيث تكون الغدة الدرقية غائبة أو منتبذة أو ناقصة التطور بشدة. لا ينبغي الخلط بينه وبين نقص اليود، أو مع الأشكال الأخرى من قصور الغدة الدرقية الخلقي، مثل خلل تكون هرمونات الدرقية، حيث الغدة الدرقية موجودة ولكنها لا تقوم بوظيفتها بشكل صحيح.
يمكن أن يترافق قصور الغدة الدرقية الخلقي الناجم عن خلل تكون الغدة الدرقية مع PAX8.