خفر السواحل الجيبوتي (بالفرنسية: Garde-Côtes Djiboutienne) وحدة تابعة للبحرية الجيبوتية، تتولى حماية المصالح البحرية لجمهورية جيبوتي. وتُؤسس عام 2011، وتضطلع بمهام متعددة تشمل مكافحة الصيد غير القانوني واستغلال الموارد الطبيعية، وعمليات البحث والإنقاذ، وحماية البيئة، ومكافحة التلوث البحري ومياه التوازن، إضافة إلى مكافحة الإرهاب والاتجار بالبشر والمخدرات وغيرها من الأنشطة غير القانونية.
وكغيره من أجهزة خفر السواحل، يُعدّ خفر السواحل الجيبوتي قوة شبه عسكرية تدعم البحرية الجيبوتية في أوقات الحرب، بينما يعمل تحت إدارة مدنية مستقلة خلال فترات السلم. كما يراقب السفن التي تبحر في المياه الإقليمية الجيبوتية، وقد يعترض قوارب اللاجئين والمهاجرين التي تعبر مضيق باب المندب.