خربة سمارة (العبرية: ח'ירבת סמארה ह') هو موقع أثري يقع في الضفة الغربية. تقع بالقرب من مستوطنة عيناف الإسرائيلية، 9 كم شرق الطيبة.
تم مسح الموقع لأول مرة بواسطة صندوق استكشاف فلسطين في أواخر القرن التاسع عشر، ثم تم تحديده عن طريق الخطأ على أنه كنيسة. وفي الحفريات التي أجراها عالم الآثار الإسرائيلي إسحاق ماجن في عامي 1991 و1992، تم التعرف على الهيكل الموجود على الحافة الشرقية للموقع على أنه كنيس سامري. بالإضافة إلى ذلك، تم العثور على ميكفيه، وخزان، وبوابة مقوسة، وكهوف دفن، وهياكل عامة في الموقع.