خربة بدّ عيسى هي موقع أثري يقع في وسط الضفة الغربية ضمن منطقة خاضعة لسيطرة استيطانية إسرائيلية. تشير الأدلة الأثرية إلى أن الموقع أُسس في القرن الثالث قبل الميلاد خلال العصر الهلنستي، كقرية زراعية موسمية، ثم تطوّر لاحقًا إلى قرية دائمة خلال الفترات الكلاسيكية في القرن الأول الميلادي.
تعرض الموقع لتراجع سكاني ودمار خلال أحداث القرن الأول الميلادي في سياق الصراع مع الحكم الروماني (66–70م)، ثم مرة أخرى خلال اضطرابات القرن الثاني الميلادي (132–136م). وأُعيد استيطانه بعد نحو قرن، في القرن الثالث الميلادي، دون أن يشهد توسعًا ملحوظًا في العصر البيزنطي. وفي بدايات العصر الإسلامي، استُخدمت مساحاته من قبل جماعات رعوية وبدوية.
كشفت التنقيبات الأثرية عن حيّ مخطط يضم ستة مبانٍ، من بينها مبنى ديني قديم يتميز بواجهة مشذبة من حجارة منحوتة (أشلار)، وأعمدة وأقواس، وعتبة مزخرفة كبيرة، إضافة إلى بقايا زخارف جدارية ملونة. كما عُثر على معصرة زيتون، ومنشأة مائية مجاورة يُرجّح استخدامها لأغراض طقسية مرتبطة بالمياه.
وتضمنت اللقى الأثرية كميات كبيرة من الفخار تعود إلى القرنين الأول والثاني الميلاديين (إحداها تحمل نقشًا عبريًا)، إلى جانب عدد كبير من الأواني الحجرية، و365 قطعة نقدية تعود إلى فترات زمنية مختلفة، منها 195 قطعة وُجدت ضمن كنزين مدفونين، ما يعكس النشاط الاقتصادي واستمرارية الاستخدام في الموقع عبر العصور.