تقع خربة الزيرقون على بعد 2.5 كم من تل المغير باتجاه الجنوب الشرقي, وتسيطر على الحافة الغربية لوادي الشلالة، وتبلغ مساحة الموقع 400 * 300 م .ويمتد الموقع الاثري فوق هضبة منحدرة باتجاه الشرق والجنوب الشرقي والشمال الشرقي ليسيطر على عدة مصادر مائية أهمها أم رجلين ومجرى مياه وادي الشلالة, والذي تصب مياهه باتجاه الشمال ليلتقي مع وادي الراحوب ,وكلا الوأديان يصبن في نهر اليرموك. وهذا الأمر اكسب الموقع الأهمية الإستراتيجية وتحصينا أمينا عظميين. وتشرف الجهة الغربية من الموقع على منطقة منبسطة، وتمتد حوالي 800 م من الطرف الغربي للخربة لتبدأ سلسلة هضاب جديدة اقل انحدارا واتساعا من الهضبة التي تقوم عليها الخربة . يضم الموقع بين جدرانه مخلفات مدينة العصر البرونزي القديم، ويعتبر الموقع من أكبر المواقع مساحة التي تعود لحقبة الألف الثالث قبل الميلاد في الأردن(الديري 1999 :55).
فالموقع يحتل مساحة قدرها 150 دونما، وهو محصن بسور يحيط بالمدينة عدا الجهة الشرقية التي تشرف على وادي الشلالة، وهي منطقة منحدرة جدا، أي محصنة طبيعيا. ويتمركز الموقع على أرض منبسطة صالحة للزراعة، وعثر المنقبون فيه على مخلفات أثرية تخص المرحلة الأولى حتى الرابعة من العصر البرونزي القديم، ولكن الموقع بلغ ازدهاره خلال المرحلة الثالثة من العصر البرونزي القديم، فالموقع تطور من قرية صغيرة إلى مدينة كبيرة استخدم بشكل بسيط في المرحلة الرابعة (كفافي 2006 : 129).
وتمتاز هذه المنطقة من الأردن بمناخها المعتدل صيفا والدافئ شتاء, وتسقط الإمطار فيها بمعدل 300 – 500 ملم، ويساعد المناخ شبه الرطب في تنوع التربة المعروفة بتربة البحر الأبيض المتوسط، بإعطاء إنتاج زراعي وافر وجيد من حيث النوعية, نتيجة انتظام مواسم الأمطار الذي يعد دعامة لزراعة الحبوب, والفواكه, كما أنه ساعد على تربية الحيوانات.