كانت خانية بخارى ((بالفارسية: خانات بخارا)، (بالأوزبكية: Buxoro xonligi)) دولة ذات شأن في آسيا الوسطى في الفترة من الربع الثاني من القرن السادس عشر إلى أواخر القرن الثامن عشر. وقد أصبحت بخارى عاصمة الشيبانيون التي لم تدم طويلاً خلال عهد عبيد الله خان (1533 - 1540). ثم وصلت الخانية إلى قمة توسعها وتأثيرها في عهد الحاكم الشيباني قبل الأخير، عبد الله خان الثاني (1577 - 1598).
وفي القرن السابع عشر والثامن عشر، حكم الخانية أسرة جنيد. وفي عام 1740، لحقت بهم هزيمة على يد نادر شاه شاه إيران. وبعد وفاته في عام 1747، حكم الخانية أحفاد الأمير الأوزبكي خدايار بي (Khudayar Bi)، من خلال منصب رئاسة وزراء أتاليق. وفي عام 1785، أضفى حفيده، شاه مراد، الطابع الرسمي على حكم الأسرة الحاكمة وهي أسرة (مانغيت) وصارت الخانية إمارة بخارى.