وقع صدام بين قوات الحكومة النيبالية والحزب الشيوعي النيبالي «الماوي» بين عامي 1996 و2006، ما أدى إلى انتهاك حقوق الإنسان في جميع أنحاء البلاد. اتُهم الطرفان بالتعذيب والقتل غير القانوني والاعتقالات التعسفية وعمليات الخطف. كانت نيبال أثناء هذا الصراع موطنًا لأكثر حالات الاختطاف في العالم. اعتُبر الصراع أيضًا السبب الرئيسي في توقف عمليتي التنمية والتطور في نيبال.
أسفر الصراع عن انخفاض مستوى معيشة الإنسان ما أدى إلى الفقر وسوء الأوضاع الصحية والتعليمية وعدم المساواة بين الجنسين.
ما زالت هذه القضايا مستمرة حتى يومنا هذا. إذ يعاني الشعب النيبالي من حالات التفرقة والتمييز العرقي والطائفي والجنسي، بالإضافة إلى سوء الأوضاع المعيشية لسكان المناطق الريفية في نيبال لعدم حصولهم على ما يكفي من الرعاية الصحية والتعليم وغيرها من الحقوق. مازالت البلاد تعاني من العنف، لا سيما تجاه النساء. والتفاوت الاقتصادي سائد، ومازالت المشكلات الصحية قائمة؛ ما أسفر عن ارتفاع معدلات وفيات الأطفال في بعض المناطق، إضافة إلى الأمراض النفسية، وعدم كفاية خدمات الرعاية الصحية.
بدأت الأحوال تتغير بعد عام 2006، عندما تم التوقيع على اتفاق السلام الشامل بين الحكومة والأحزاب السياسية والماويين لإنهاء صراع دام عقدًا كاملًا من عام 1996 إلى عام 2006، ونص الاتفاق على استعادة النظام الديمقراطي وسيادة القانون في نيبال.