تعاني حقوق الإنسان في الهندوراس من عدد من القضايا والمشاكل الجدية في نهاية عام 2013، من ضمنها عمليات القتل التعسفية وغير الشرعية من طرف قوات الشرطة وآخرين، ومن الفساد والضعف المؤسساتي لنظام القضاء، وظروف السجن القاسية التي تهدد الأرواح.
إن العنف ضد المحتجزين من المشاكل التي تهدد حقوق الإنسان، بالإضافة إلى الاحتجاز السابق للمحاكمة لفترة طويلة، وتعذّر ضمان حقوق القانون والاعتداء على الصحفيين والفساد في الحكومة والعنف والتحرش ضد النساء ودعارة الأطفال والإساءة للأطفال والإتجار بالبشر، والتعدي على الأراضي الأصلية، واضطهاد الشعوب الأصلية والمجتمعات المنحدرة من أصل أفريقي، والعنف والتحرش بالأفراد المنتمين لمجتمع الميم، وتنفيذ قوانين العمالة بشكل غير فعال وعمالة الأطفال. تتمثل عناصر الجريمة المنظمة بارتكاب الجناة جرائم عنيفة في البلد واقترافهم جرائم القتل والابتزاز والخطف والتعذيب والإتجار بالبشر وترويع الصحفيين والمدافعين عن حقوق الإنسان.
اتخذت الحكومة خطوات لملاحقة ومعاقبة المسؤولين الذين يرتكبون تلك الإساءات، لكن الفساد والحصانة مشاكل خطيرة ما تزال قائمة وتعيق فعالية الشرطة الوطنية.