حفريات المسجد الأقصى هي مجموعة من الحفريات التي تنفذها قوات الاحتلال الإسرائيلي حول وتحت المسجد الأقصى.
بدأت أولى مراحل الحفريات بعد حرب 1967 حيث تم هدم حي المغاربة الملاصق للحائط البراق في الجهة الغربية من المسجد الأقصى، حيث تم جعل باب المغاربة مدخلاً لجنود الاحتلال الصهيوني والمستوطنين إلى ساحات المسجد. ومنذ ذلك الحين بدأت قوات الاحتلال الإسرائيلية بإجراء الحفريات تحت المسجد الأقصى للبحث عن هيكل سليمان حيث إنهم يعتقدون وجوده هناك وقد تطورت هذه الحفريات.
منذ يونيو 1967 تمت أغلبية الحفريات بمبادرة مؤسسات حكومية إسرائيلية أو منظمات يهودية، وأعلن البحث التاريخي العلمي هدفا رسميا لها، ولكن الزعامة الفلسطينية اعتبرت هذه الحفريات محاولة لاستيلاء على مواقع ذات أهمية دينية إسلامية وحتى اتهمت إسرائيل بمحاولة لتقويض أساسات الجوامع المتواجدة في المسجد الأقصى .