حفرة ميسيل (بالألمانية: Grube Messel) هي منجم قديم في منطقة ميسيل بالقرب من مدينة دارمشتات بألمانيا، كان يستغل في استخراج سجيل زيتي من سطح الأرض، وعثر في الحفرة على أحفورات حيوانات عاشت قبل نحو 40 مليون سنة. ونظرا للحالة الجيدة لتلك الأحافير التي وجدت فيها وهي من العصر الإيوسيني فقد قيدتها هيئة اليونسكو كموقع للتراث العالمي. عثر في تلك الحفرة على أمثلة من مجموعات الفقاريات والحشرات والنباتات المتحجرة.
من أهم ما عثر عليه من أحفورات الحيوانات القديمة في حفرة ميسيل أمثلة للحصانين المنقرضين: Propalaeotherium وEurohippus والتي استخرج منها ما يزيد عن 70 أحفورة كاملة تقريبا كما عثر على نوع من طائر الكركي «ميسيلورنيس كريستاتا» منقرض، وكذلك عثر العلماء على داروينيوس ماسيلاي الذي يعتبر أحد الرئيسيات القديمة.