ينص الدستور الإندونيسي على حرية الأديان. تحترم الحكومة إجمالًا الحرية الدينية لستة أديان رسمية معترفٍ بها: الإسلام والبروتستانتية والكاثوليكية والهندوسية والبوذية والكونفوشية. ثمة قيود مستمرة، تحديدًا على الأديان التي لا تقرّ بها الحكومة والطوائف التي تُعدّ منحرفة ضمن الأديان المعترف بها. يمكن أن يؤدي التشكيك في أي من الأديان الستة المذكورة أعلاه إلى سجن لخمسة أعوام بسبب «إهانة دين رئيسي» وستة أعوام أخرى في حال استخدام الإنترنت.
وفقًا لمنظمة التضامن المسيحي العالمي، التعصب الديني في ازدياد وهو ينتشر على الصعيد الوطني حتى بين الجماعات المسلمة.