حرب غينيا بيساو الأهلية هي حرب دارت في الفترة من 7 يونيو 1998 إلى 10 مايو 1999 وكانت ناجمة عن محاولة انقلاب ضد حكومة الرئيس جواو برناردو فييرا بقيادة العميد أنسوماني ماني. اشتبكت القوات الحكومية، بدعم من الدول المجاورة، مع قادة الانقلاب التي سيطرت قواتهم بسرعة على ما يقرب البلاد كلها في مواجهة القوات المسلحة.
أدى الصراع إلى مقتل المئات من السكان وتشريد مئات الآلاف الآخرين.
في نهاية المطاف، تم توقيع اتفاق السلام في نوفمبر تشرين الثاني 1998 الذي نص على إنشاء حكومة وحدة وطنية وعقد انتخابات جديدة في عام 2000. ومع ذلك، اندلع القتال لاحقا بعد أيام قليلة بالضبط في مايو 1999 وانتهت الحرب الأهلية في غينيا بيساو بعزل جواو برناردو فييرا في 10 مايو 1999 عندما وقع وثيقة الاستسلام غير المشروط.