حرب الكونفدرالية (بالإسبانية: Guerra contra la Confederación) كانت مواجهة عسكرية شنتها تشيلي، بالتعاون مع المنشقين من بيرو، والكونفدرالية الأرجنتينية بين عامي 1836 و1839. كانت تلك الحرب نتيجة لإعلان تكوين كونفدرالية بيرو وبوليفيا على يد سالافيري وسانتا كروز، ما سبب صراعًا على السلطة في أمريكا الجنوبية، مع تشيلي والكونفدرالية الأرجنتينية؛ إذ لم تمنح هاتان الدولتان الثقة للكيان السياسي القوي المتكون حديثًا، ومثَّل لهم هذا الكيان تهديدًا جيوسياسيًا. أعلنت تشيلي والكونفدرالية الأرجنتينية الحرب على كونفدرالية بيرو وبوليفيا بعد فترة قصيرة، بالرغم من قيام كل منهما بالحرب بصورة مستقلة.
شنت تشيلي الحرب بالتعاون مع المنشقين من بيرو منذ عام 1836، أولئك الذين كانوا أعداء لسانتا كروز. استطاع اللواء لويس خوسيه دي أوربيغوسو، أحد أتباع سانتا كروز، التمرد ضده في عام 1838 لاستعادة بيرو بحكومة جديدة. ولكن الأمر انتهى به إلى الهزيمة على يد القوات التشيلية نظرًا لعدم تحالفه معهم. لم تحقق الكونفدرالية الأرجنتينية أي تقدم ملموس بين عامي 1837 و1838، وسببت شللًا لجبهتها العسكرية وخسرت بعض المناطق في شمال سان سلفادور دي خوخوي. استطاعت القوات التشيلية بالتعاون مع منشقي بيرو من الانتصار في معركة يونغاي في عام 1839. تسببت تلك المعركة في حل كونفدرالية بيرو وبوليفيا، ونفي سانتا كروز، واستعادة بيرو وبوليفيا، بين عدد من العواقب الأخرى.