الجين النووي هو جين يقع تسلسل حمضه النووي داخل نواة الخلية في الكائنات حقيقية النوى. وتميز هذه الجينات عن الجينات خارج النواة، مثل تلك الموجودة في جينومات الميتوكوندريا والبلاستيدات الخضراء، والتي توجد خارج النواة في حمضها النووي الخاص بالأُعضيات. تنسخ الجينات النووية غالبية البروتينات والحمض النووي الريبي الوظيفي اللازم للعمليات الخلوية، بما في ذلك التطور، والتمثيل الغذائي، والتنظيم.
وعلى عكس الجينومات الصغيرة والدائرية للميتوكوندريا والبلاستيدات، تنظَم الجينات النووية في كروموسومات خطية وعادة ما تورث بطريقة مندلية، وفقًا لقوانين الانفصال والتوزيع المستقل. أما الجينات خارج النواة فعادة ما تظهر وراثة غير مندلية، مثل الوراثة الأمومية في الحمض النووي للميتوكوندريا.
ورغم أن الغالبية العظمى من جينات حقيقيات النوى نووية، تبقى هناك استثناءات في بعض الطلائعيات والطحالب، حيث هاجرت بعض الجينات من الأُعضيات إلى النواة على مدى الزمن التطوري من خلال انتقال الجينات عبر التعايش الداخلي. تعد دراسة الجينات النووية أساسية في علم الوراثة، وعلم الأحياء الجزيئي، والهندسة الوراثية، حيث تلعب دورًا مركزيًا فيها.