جودة الجنين هي قدرته على النمو بنجاح، مما يؤدي إلى ارتفاع معدل الحمل و/أو ولادة شخص سليم. ويُقصد بتقييم جودة الجنين تحديد خصائصه من خلال تحديد و/أو قياس معايير مختلفة. وتُستخدم هذه التقييمات لتوجيه عملية اختيار الأجنة في التلقيح الصناعي.
بشكل عام، يركز تحليل الأجنة للتنبؤ بمعدلات الحمل بشكل أساسي على السمات المرئية والمؤشرات الحيوية قصيرة المدى، بما في ذلك التعبير عن الحمض النووي الريبوزي والبروتينات، ويفضل أن يكون ذلك في محيط الأجنة لتجنب أي ضرر قد يلحق بها. من ناحية أخرى، يركز تحليل الأجنة للتنبؤ بالصحة بشكل أكبر على الجينوم، وفي حال وجود خطر الإصابة باضطراب وراثي، فإنه غالباً ما يتضمن أخذ عينات من خلايا الجنين لإجراء التشخيص الجيني قبل الزرع.