يدور الجدل حول متفجرات القعقاع الشديدة حول إمكانية إزالة التمرد العراقي لحوالي 377 طنًا من المتفجرات الشديدة ( HMX وRDX ) من منشأة القعقاع، بعد غزو العراق عام 2003. مع ذلك، صرّح المتحدث باسم البنتاغون، لورانس دي ريتا، بأن الوكالة الدولية للطاقة الذرية لم تُقدّم وثائق تُوضّح كيفية وصولها إلى رقم 377 طنًا من المتفجرات المفقودة. ولم تُثبت الوكالة حتى الآن في وثائقها سوى وجود 219 طنًا من المواد المتفجرة في القعقاع والمنشآت المحيطة بها.
وقد أكد مفتشو الأسلحة التابعون للأمم المتحدة وجود المتفجرات، التي اعتبرتها الوكالة الدولية للطاقة الذرية خطيرة، داخل منشآت كانت أبوابها مغلقة بالسلاسل وخاتم الأمم المتحدة، في مجمع القعقاع الصناعي في العراق عام 2003. وبحلول أكتوبر/تشرين الأول 2004، كانت المنشأة فارغة.