جبهة علماء الأزهر تأسست بمدينة القاهرة 1946م المشهرة برقم 565 لسنة 1967م ، قبل تأسيس مجمع البحوث الإسلامية، ثم توقفت فترة أواخر الثمانينيات وعاودت نشاطها عام 1994 وتولى إدارتها الدكتور محمد الطيب النجار رئيس جامعة الأزهر الأسبق.
بدأ النزاع قام محافظ القاهرة عبد الرحيم شحاتة بحلّها وإغلاق مقرّها في يونيو 1998، وذكر مراقبون أن قرار المحافظ جاء بسبب غضب الحكومة من انتقادات الجبهة لشيخ الأزهر وأبرزها انتقاد لقاؤه مع الحاخام اليهودي إسرائيل لاو.
منذ تولى شيخ الأزهر د.محمد سيد طنطاوي مشيخة الأزهر عام 1996م، بدأ صراع ضد الجبهة لإصدارها فتاوى ضد رغبة الشيخ، فقام الأخير برفع دعاوى قضائية ضد الجبهة؛ حتى حصل علي حكم قضائي نهائي بحلها أواخر عام 1999م. ومنذ عام 2000م اختفت الجبهة حتي عاودت الظهور مرة أخرى من الكويت وأطلقت موقعا إلكترونيًا مُعلنة إحياء نشاطها ورسالتها.