تأسست جامعة شرق إفريقيا في 29 يونيو 1963، وخدمت كينيا وتنزانيا وأوغندا في منطقة البحيرات العظمى بشرق إفريقيا. كانت الجامعة في الأصل كلية خارجية مستقلة تابعة لجامعة لندن. ثم اكتسبت هذه الجامعات في شرق إفريقيا حقها في العمل كهيئات مستقلة، ومن هنا جاء اسمها الشائع:
كينيا: جامعة نيروبي
أوغندا: جامعة ماكيريري التي نالت استقلالها كجامعة مستقلة تقدم برامج البكالوريوس والدراسات العليا في 1 يوليو 1970
تنزانيا: جامعة دار السلام. بحلول عام 1963، أصبحت جامعة مستقلة بعد تأسيسها كجامعة لندن في 25 أكتوبر 1961، وبدأت العديد من الكليات في الظهور في السنوات اللاحقة من وجودها.
بعد تمويل كلية جامعة ماكيريري، التي دشنت حقبة الجامعة الإقليمية بين دول شرق إفريقيا الثلاث، وعلى مدى العقدين التاليين، تبنت جامعات شرق إفريقيا سياسة تعاونية بين سلطات كينيا وأوغندا وتنجانيقا (المعروفة بتنزانيا بعد اتحادها مع زنجبار). وقد أثمرت هذه السياسات عن تأسيس جامعة شرق إفريقيا الإقليمية (يو إي أي) في يونيو 1963، والتي ضمت كليات جامعية في كينيا وأوغندا وتنزانيا.