جامعة النيلين هي جامعة حكومية كانت سابقاً تعرف بجامعة القاهرة فرع الخرطوم، وقد تأسست في العام 1956 م في عهد الرئيس المصري جمال عبد الناصر لتكون جسر تواصل علمي وثقافي للعلاقات بين السودان ومصر، وفي عهد ثورة الإنقاذ تم تحويلها إلى ”جامعة النيلين“ في عام 1993م، وهي جامعة عريقة، كانت تتكون من كلية القانون والآداب والتجارة والعلوم، أضيفت لها في التسعينات كليات: الطب والصيدلة والهندسة والبصريات والعلوم الرياضية و المختبرات والعلوم والتكنولوجيا والمختبرات الطبية وتعد أكبر جامعة سودانية من حيث عدد الطلاب، ثم ألحقت بها العديد من الكليات.