جامعة السلطان شريف علي الإسلامية (بالملايو:Universiti Islam Sultan Sharif Ali وتختصر إلى UNISSA) هي الجامعة الثانية في بروناي، حيث تأسست عام 2007 كأول جامعة إسلامية في الدولة.
نبعت فكرة الجامعة الثانية بداية الأمر في خطاب السلطان حسن البلقية في حفل التخرج السادس عشر في جامعة بروناي دار السلام في عام 2004 ومرة أخرى في حفل التخرج السابع عشر في العام اللاحق، حيث بيّن السلطان أن الجامعة الثانية يجب أن تكون إسلامية. هدف الجامعة يتلخص بشكل عام بأن تصبح مركزا لنشر الإسلام في المنطقة.
أخذت الجامعة اسمها من أحد شرفاء مكة وهو بركات علي ابن الشريف عجلان أبن الشريف رميثة المعروف باسم السلطان الشريف علي الذي يعود نسبه لنبي الإسلام محمد، والذي تم تنصيبه على بروناي سلطانا ثالثا بعد زواجة من ابنة السلطان الذي سبقه. يذكر أن أول مسجد تم بناءه في بروناي كان بأمره، لكن تم تدميره خلال قصف الحلفاء في الأعوام 1945 و1946 .
تم تأسيس الجامعة في 11 ذو الحجة 1427هـ (1 يناير 2007) واستقبلت أول دفعة من الطلاب في أغسطس 2007، حيث قُدر عدد الطلاب المقبولين 152 طالباً وطالبة منهم 27 متقدماً في الدراسات العليا. تم جلب، في بدايات الجامعة، الموظفين الأكاديميين وغير الأكاديميين وكذلك الطلاب من معهد السلطان الحاج عمر علي صفي الدين للدراسات الإسلامية (يختصر إلى: IPI SHOAS) والذي كان جزءاً من جامعة بروناي حينها وبما أن جامعة السلطان الشريف علي لم يكن لديها مقراً رئيسياً في ذلك الوقت فقد تم استخدام المقر التابع للمعهد كمقر انطلاق لهم.
انتقلت الجامعة، في فبراير 2009، إلى الحرم الجامعي الجديد في منطقة جادونغ (Gadong) لتستطيع إيجاد مساحة كافية لمواكبة النمو ولاستيعاب أعداد الطلاب والموظفين.