تعتبر جامعة الإمام المهدي من الجامعات الحديثة بالسودان حيث تم تأسيسها بقرار جمهوري عام 1994م؛ امتداداً لثورة التعليم العالي؛ وتلبيةً لاحتياجات المنطقة التعليمية. وسُميت؛ تيمناً بزعيم الثورة المهدية محمد أحمد المهدي، تقع في ولاية النيل الأبيض ومعظم كلياتها موجودة بمدينة كوستي كما توجد كليات بمدينة الجزيرة أبا. ووفقاً لما جاء في قانون جامعة الإمام المهدي لسنة 1995م فإن الجامعة هي دارٌ للعلم، تعمل على تحصيله، وتدريسه وتطوير مناهجـه ونشره، في إطار الأهداف العامة للدولة، وسياسات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي.
وتعمل على خدمة الوطن وتنمية موارده، وعلى نهضة البلاد فكرياً وعلمياً واقتصاديا واجتماعيا وثقافياً.