بدأ تعليم الطب البيطري في تركيا لأول مرة عام 1842 في المدرسة البيطرية العسكرية بمدينة إسطنبول. في العام 1889 تم إنشاء المدرسة البيطرية المدنية والتي تم دمجها مع المدرسة البيطرية العسكرية تحت اسم المدرسة البيطرية العليا في عام 1921. في عهد الجمهورية التركية وفي إطار إصلاحات التعليم العالي، تم نقل المدرسة البيطرية مع جميع موظفيها الأكاديميين والإداريين إلى أنقرة في عام 1933 وتم إدراجها كجزء من المعهد الزراعي العالي. في عام 1939 تم تغيير اسم المدرسة البيطرية إلى كلية الطب البيطري. بعد إنشاء جامعة أنقرة عام 1946، انضمت كلية الطب البيطري إلى جامعة أنقرة عام 1948 وأصبحت إحدى الكليات المؤسسة للجامعة.
ظلت كلية الطب البيطري بجامعة أنقرة منذ إنشائها وحتي يومنا هذا تقدم الدعم اللازم في مجالي التعليم والبحث العلمي الي معظم الكليات البيطرية الأخرى التي تم إنشاؤها بعدها باعتبارها الكلية الأم. بهدف تبادل المعلومات حول مجالات التدريس والبحث العلمي بين مؤسسات التعليم البيطري في أوروبا والأجزاء الأخرى من العالم وكذلك بهدف تسهيل حركة الطلاب بين تلك المؤسسات وتطوير المادة التعليمية، تقدمت الكلية بطلب الاعتماد من قبل الرابطة الأوروبية لمؤسسات التعليم البيطري (European Association of Establishments for Veterinary Education, EAEVE) العضو في الوكالة الأوروبية لضمان الجودة في التعليم العالي والتي تعتبر الهيكل الأعلى في تقييم الجودة لمؤسسات التعليم العالي في أوروبا، وقد تم اعتماد الكلية في العام 2007 بعد إيفائها بالمعايير المطلوبة. وعلي نفس النهج، بعد التقييم الذي أجرته جمعية تقييم واعتماد مؤسسات وبرامج التعليم البيطري (VEDEK)، المرخص لها من قبل مجلس التعليم العالي اعتماد مؤسسات التعليم البيطري في تركيا، حصلت الكلية على اعتماد البرنامج الوطني في عام 2015. كما أبرمت الكلية اتفاقيات مع 22 جامعة ضمن برنامج التبادل الطلابي إيراسموس (Erasmus).