جائزة ويليام ألان هي جائزة تمنحها الجمعية الأمريكية لعلم الوراثة البشري كل عام تكريماً للمساهمات العلمية البارزة وبعيدة المدى في علم الوراثة البشري، والأبحاث والإنجازات العلمية التي أجريت على مدار فترة مستدامة من البحث العلمي.
أنشئت جائزة ويليام ألان في عام 1961، وسُمّيت باسم الطبيب الأمريكي ويليام ألان، والذي عاش في الفترة ما بين عامي 1881 و1943، وهو أحد الأطباء الأمريكيين الأوائل الذين أجروا أبحاثًا مكثفة في علم الوراثة البشري.
يتم إعلان الفائز بجائزة ويليام ألان في الاجتماع السنوي للجمعية الأمريكية لعلم الوراثة، وتتألف الجائزة من ميدالية تذكارية، وجائزة مالية قدرها 25000 دولاراً أمريكيّا.