تأكد وصول فيروس كورونا إلى باكستان يوم 26 فبراير عام 2020، عند اكتشاف نتيجة تحليل إيجابية لطالب في كراتشي كان عائداً من إيران. وبحلول 18 مارس، جرى تسجيل الحالات في جميع المقاطعات الأربع، والأقاليم المستقلة ذاتيًا، وإقليم إسلام أباد الفيدرالي.
وحتى 25 أبريل 2020، بلغ عدد حالات الإصابة المؤكدة 12,700 حالة، منها 2,866 حالة شفاء و269 حالة وفاة في البلد. وسجلت البنجاب معظم الحالات بما يزيد على 5300 حالة، بينما كانت معظم الوفيات في البلاد من إقليم خيبر باختونخوا. وقد وُضعت البلاد تحت نظام إغلاق على نطاق الدولة حتى 9 مايو بدأ تنفيذه في 1 أبريل ثم مُدد مرتين.
ووفقا لتقرير الحكومة الاتحادية، كانت تتوقع باكستان أن تصل الحالات إلى 50,000 حالة إصابة بالمرض، بحلول 25 أبريل. غير أن العدد ظل آنذاك أقل من 13,000، أي أقل من نصف العدد المتوقع. أصبحت جماعة تابلايسي جاماتا الدينية التي انعقدت في لاهور في أوائل مارس 2020 حاملة فائقة لفيروس كورونا تمثل 27% من الحالات في البلاد في أواخر أبريل. بدأت باكستان تجارب اللقاح بالتعاون مع شركة سينوفارم الصينية للأدوية في أبريل 2020.