تم تأكيد أول إصابة بجائحة فيروس كورونا 2019–20 في محافظة حضرموت في 10 أبريل 2020. في بيان نشرته اللجنة الوطنية العليا لمواجهة وباء كورونا.
يحتمل أن تتأثر البلد بشكل كبير إذا إجتاحها الفيروس وذلك نظرًا للحالة الإنسانية الصعبة بسبب الحرب الأهلية والمجاعة بالإضافة إلى تفشي الكوليرا والحصار البحري والجوي. حيث دمرت الحرب نظام الرعاية الصحية والعديد من مرافق الرعاية الصحية بسبب الغارات الجوية والقصف ونقص العاملين في مجال الرعاية الصحية.
وقالت الأمم المتحدة إنها تخشى تفشي مرض فيروس كورونا 2019 دون أن يتم اكتشافه في بلد يواجه فيه الملايين المجاعة ويفتقرون إلى الرعاية الطبية.
في 1 يونيو 2021 قال عاملون صحيون لمنظمة هيومن رايتس ووتش إن الحوثيين وضعوا وحدة مخابرات خاصة تحت إمرة جهاز الأمن السياسي التابع للجماعة في المراكز الطبية؛ لتخويف وتهديد موظفي القطاع الصحي والحد من نشر أي معلومات بشأن تفشي فيروس كورونا، وقالت المنظمة اليوم إن سلطات الحوثيين تحجب المعلومات حول مخاطر فيروس «كورونا» وتأثيره، وتقوّض الجهود الدولية لتوفير اللقاحات في المناطق الخاضعة لسيطرتها، وأن مسؤولون حوثيون سعوا لنشر معلومات مضللة حول الفيروس واللقاحات منذ بداية انتشار الوباء في اليمن في أبريل 2020.