في مارس وأبريل عام 2009، أصاب وباء من سلالة جديدة من الإنفلونزا يشار إليها عادةً باسم «إنفلونزا الخنازير» كثير من مواطني المكسيك وأجزاء أخرى من العالم، مما تسبب في انتشار المرض بصورة تتراوح من المعتدلة إلى الشديدة. وأشارت التقارير الأولية إلى أن تفشي المرض قد بدأ في فبراير بسبب الممارسات الزراعية في مزرعة للخنازير تملكها شركة سميثفيلد فود. وذكرت شركة سميثفيلد فود أنها لم تجد أي علامات أو أعراض مرضية لوجود إنفلونزا الخنازير في قطيع الخنازير في الشركة، أو بين موظفيها في مشاريعها المشتركة في المكسيك، وأنها توفر بشكل روتيني تطعيم فيروس الإنفلونزا إلى قطعان الخنازير، وأنها تجري الاختبار الشهري لوجود إنفلونزا الخنازير.
تم تحديد السلالة الجديدة على أنها مزيج من عدة سلالات مختلفة من فيروس إنفلونزا أ، النوع الفرعي H1N1 (فيروس الإنفلونزا أ H1N1)، بما في ذلك سلالات منفصلة من هذا النوع الفرعي المتداولة في البشر والخنازير. وقد أعربت منظمة الصحة العالمية ومراكز مكافحة الأمراض واتقائها عن قلقهما الشديد من انتشار السلالة الجديدة التي بين البشر، مع معدل وفيات مرتفع نسبيًا في الحالات المصابة في المكسيكي المحتملة والمؤكدة، والذي يمكن أن ينحول في أي وقت من الأوقات إلى وباء. وأشارا في تقريرهما أنه نظرًا لأن الفيروس واسع الانتشار بالفعل، فإن احتوائه سيكون مستحيلًا.
اعتبارًا من 27 أبريل 2009، ظلت جميع المدارس في جميع أنحاء البلاد مغلقة حتى السادس مايو. وأشار وزير الصحة كوردوفا إلى أن عدد الحالات الجديدة قد انخفض خلال الأيام الثلاثة: من 141 يوم السبت إلى 119 يوم الأحد و 110 يوم الاثنين. بينما ظل من غير الواضح سبب وجود وفيات في المكسيك أكثر مما كانت عليه في المناطق الأخرى، نظرًا لوجود متغيرات محتملة متعددة، مثل وجود سلالة أقوى من الفيروس في المكسيك أوكثرة التعرض له. لم يتم التوصل إلى نتيجة محددة، ومع ذلك ذكرت لجنة مكافحة الأمراض أن فيروسات إنفلونزا الخنازير في الولايات المتحدة والمكسيك متطابقة.